亚洲经济研究院设置理事会、学术委员会、经济发展委员会、国际合作委员会、评估认证中心及宣传部。实行院长负责制，其业务工作接受理事会的指导，学术事务由学术委员会予以指导。

理事会作为研究院的决策机构，负责对相关业务事项进行指导。设理事长一名、秘书长一名。理事由各国政府代表、合作方代表、社会知名人士以及企业家构成，每届任期为三年，成员总数不超过二十人。

学术委员会是研究院的学术指导机构，负责审议重大学术活动以及研究课题。由国际相关领域的专家、学者组成（鼓励跨专业跨行业专家参与），涵盖政府部门专家、国内外知名学者、企业家以及国际组织专家。设首席专家一至两名，委员若干（不超过四十人），每届任期三年。

学术委员会承担学术工作的组织与管理职责；宣传部负责理论研究、行业品牌建设、媒体合作、资源整合以及智库推广，旨在构建品牌理论体系，推动行业发展，整合优质资源，提升品牌影响力。

院长的职权如下：

（一）负责研究院的学术研究与日常管理工作；

（二）主持制定年度工作计划；

（三）主持召开工作会议；

（四）提议副院长、院长助理的聘任或解聘；

（五）处理其他重大事项。

副院长、院长助理协助院长行使以下职权：

（一）经院长授权，主持日常工作，组织实施计划，提出年度工作计划与报告；

（二）提议工作人员的聘任或解聘。

研究院发布重大研究成果，须经三分之二以上专家委员会成员审议通过。